故事发生在虚构的城市空崎市，在那里，存在着一支由身手矫健的少女们所组成的特工组织“月影”，每天入夜，少女们的身影便会在月亮的映照下穿梭在城市的角角落落，守护这座城市与市民们的安全。犯罪组织“魍魉”一直对空崎市虎视眈眈，屡屡进犯，他们是月影最大也是最难对付的对手。     &n

　　在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，　　栖息着奇妙奇怪的生物们，　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，　　陆续

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。