在青铜圣斗士与冥王哈迪斯的殊死决战中，为了大地上的爱和和平，已经去世的十二黄金圣斗士齐齐复活，用他们最后的信念与力量打通了叹息之墙，从而完成了自己作为女神的圣斗士的使命。不过黄金圣斗士的故事并未就此结束，狮子座艾欧里亚等人不知为何来到了北欧，与之邂逅的莉菲雅认为黄金圣斗士的出现是天神奥丁的旨意。

　　一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾

　　神话时代，宙斯之子亚伯妄想统治大地，他自称“太阳神”，张扬跋扈不可一世，最终遭到宙斯和阿波罗的抹杀。　　数千年后，亚伯复活，假上天之名欲淹没人类文明，重建众神世界。他邀请雅典娜和其共同统领世界，并用神力复活战死的黄金圣斗士。假意合作的雅典娜试图暗杀亚伯，反被其所害。　　星矢、紫龙、冰河等人来至太

　　遥远的东西伯利亚，北风呼啸，暴雪横飞，这个冬季变得格外漫长，不祥的气息在空气中肆意弥漫。正在此地修炼的冰河，偶然救助一个被人追杀的男子。从他的口中，冰河得知北欧的神之大陆发生巨大变故，神与神的战争一触即发。在此之后，冰河神秘失踪，纱织小姐带领星矢等人拜访了神之大陆的教主多路巴，然而对方顾左右而言

　　不祥之夜，四道邪恶光芒侵入圣域，以迅雷不及掩耳的速度击倒多名黄金圣斗士。来者乃圣魔天使，是堕落天使路西法的手下。神话时代，路西法试图凌驾众神之上，最终被打入魔界。他怀着恐怖罪恶的念头复活，凭借堕入魔界的波塞冬、艾丽丝、阿波罗小宇宙的支持，路西法在世界各地掀起连番灾难，人类命运危在旦夕。为了拯救人

　　在这个注重外表的社会，一名边缘人高中生意外可在颜值有天壤之别的两具身体之间切换，就此展开双面人生。

　　14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音）

　　十年前，东京出现了一个不能解释的领域。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织

　　天河优人（平川大辅 配音）是个独自生活孤苦伶仃的内向少年，对于生活，优人只希望能够平平安安的度过余生就好。可是事与愿违，在其16岁生日的那一天，一个名叫野井原绯鞠（小清水亚美 配音）的黑发女孩子出现在了他的面前，同时，亦有形状可怖的怪物对优人发起了攻击。　　战斗之后，绯鞠告诉惊魂未定的优人，他是

　　异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾