磁星骑士描述的是在人类居住的五行洲之外，还有一个精灵的世界叫恒磁星。恒磁星的长老发现邪恶的红骑士妄图破坏两个世界，于是向五行洲派出了磁星精灵远征队，寻找能够拯救两个世界的磁星骑士。没想到，被选中的磁星骑士居然是散漫的阿峰、活在因事故死去的哥哥阴影中的向东、缺少父母陪伴的富家千金雅玲和从小失去双亲

　　故事从一名高中生叙述而开始，五岛桐绘和她的男朋友斋藤秀一以及住在这个受诅咒的黑涡镇的人们，面对着一连串围绕在漩涡相关的诅咒和超自然事件当中，而这座小镇的秩序也即将失控。

　　2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。