喧嚣繁忙的国际大都会东京，红男绿女匆匆行走，为了理想、爱情、生计全速奔忙，不曾停下脚步。直到午夜十二点，他们才拖着疲惫的身体和步伐，来到了那间营业时间从深夜到次日一早的深夜食堂，品味永远和善寡言的老板（小林薰 饰）亲手烹制出来的美食。这些人中有过气的歌手、丧失创意的新人漫画家、对人性绝望的侦探、

　　午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角

　　为了完成世界第一高难度手术Batista的论文，明真大学的加藤晶（稲森いずみ饰）找到了曾领导过“医龙”（即世界最高水平救命医疗队）的朝田龍太郎（坂口憲二饰）帮忙。虽然在技术上是超一流的天才外科医生，朝田却因过于强烈的自我风格而遭到某些人的厌恶，最后所有的医院都将其拒之门外。　　来到明真后，朝田开

　　“医龙”再次归来！完成了日本第一例Batista手术收入后，由朝田龙太郎（坂口宪二 饰）率领的小队就被解散了。朝田回到了难民营，继续他的国际救援。之前任职的明真大学，格局也有所变化。前小组成员伊集院登（小池彻平 饰）、里原美纪（水川麻美 饰）等虽然还留守医院，但都因医院的情况精神不佳。　　这时，

　　明真大学附属医院的人气直线下滑，濒临破产的危机关头。在此时刻，干练果敢的医生鬼头笙子（夏木玛丽 饰）脱去白衣，出任明真大学的校长。她针对医疗、研究等方面进行大刀阔斧的改革，并积极引进杰出人才，其中就包括医龙队伍的重要成员朝田龙太郎（坂口宪二 饰）和加藤晶（稻森泉 饰），以期他们帮助明真完成日本首

　　在冈村正（高桥克典 饰）的推动下，依靠大企业捐助采购最先进设备和网罗优秀人才的全新经营模式的L&P医院日益壮大，它给医界新秀提供一展才华的空间，但同时为了盈利也想方设法赶走不会带来经济效益的病人，另一方面许多地方医院受到L&P医院的倾轧濒临破产。樱井综合医院正是这些举步维艰的小医

　　拥有直升机紧急救援的大学附属医院迎来了一批实习医生。他们分别是蓝泽耕作（山下智久 饰）、白石惠（新垣结衣 饰）、绯山美帆子（户田绘里香 饰）和滕川一男（浅利阳介 饰）。直升机每天平均运送7到8个急救患者，能协助医生坐上直升飞机是对其应变能力和医术的证明，大家都跃跃欲试。　　四人的性格各不相同。蓝

　　外表风光无限的堂上综合医院，实际上正经历着经营等方面的困境。在这里，本应“救死扶伤”的医生们似乎忘记了自己的职责与医德，醉心名利，惮于担当，明哲保身，如是弊端重重，正将这家医院推向万劫不复的深渊。这一天，名叫相良浩介（泽村一树 饰）来到此地。他是曾在大学医院供职十余年、有着三千次开刀经历的外科医

　　一度内忧外患、濒临崩溃的堂上综合医院，在外科医生相良浩介（泽村一树 饰）到来的第二个年头，无论从业绩还是口碑均取得了令人满意的成绩。更为重要的是，曾经紧张非常的医患关系得以纾解，一度丧失了责任心的医护人员也受到相良的感召，投入到救死扶伤的工作中去。而就在此时，院长（野际阳子 饰）发表辞职声明，同

　　该剧改编自长冈弘树的畅销警察小说，塑造了一位对学生毫不留情的铁面警察学校教官·风间公亲（木村拓哉饰），描写了他和内心纠结、怀揣秘密的学生们之间发生充满冲突纠葛的故事。